Nadaci Pro půdu tvoří a spravují následující orgány:

Zakladatelé

Miloslav a Zuzana Knížkovi jsou v souladu s ustanovením § 309 odst. 3 občanského zákoníku považováni  za zakladatele jediného a ve věcech nadace jednají jednomyslně.

Správní rada

Správní rada je statutárním orgánem nadace. Správní rada spravuje majetek nadace a rozhoduje o všech záležitostech nadace. Správní rada má pět členů. Předsedou správní rady byl zvolen Miloslav Knížek, místopředsedou Radomil Hradil. Jménem Nadace jednají samostatně předseda nebo místopředseda nebo společně dva členové správní rady. Zakladatelé jmenovali tyto členy správní rady:

Dozorčí rada

Je kontrolním orgánem nadace a má tři členy. Dozorčí rada zejména dohlíží, zda nadace vyvíjí svou činnost v souladu s obecně závaznými právními předpisy, touto listinou a statutem nadace, kontroluje plnění podmínek stanovených pro poskytování nadačních příspěvků atd.  Zakladatelé jmenovali tyto členy dozorčí rady: